在2009年度“中国科技论文在线优秀期刊”评选中，《北京邮电大学学报》（自然科学版）荣获一等奖。北京邮电大学学报（自然科学版）在2008年度曾获得二等奖，这是第二次在这项活动中取得好成绩。

“中国科技论文在线优秀期刊”评选旨在促进科技期刊的健康发展，提高科技期刊质量，推动科技期刊的数字化建设，提高期刊刊载论文的引用率，扩大期刊的影响力，使科技期刊更好地为科研工作者服务。本次评选根据教育部教技发展中心《关于组织2009年度“中国科技论文在线优秀期刊”评选活动的通知》和同时公布的《2009年度“中国科技论文在线优秀期刊”评选指标体系》，对截至2009年11月30日已收录在“中国科技论文在线”科技期刊栏目的教育部主管的期刊，就其影响因子和他引率、网站收录论文数和下载量、期刊入网的完整性及期刊编委的国际化程度等指标进行统计分析，经过严格的评审，共评出一等奖30名，二等奖65名。